La compétence des deux Communautés est toutefois très limitée. Elle ne s'exerce qu'à l'égard des institutions qui, en raison de leur organisation, doivent être considérées comme appartenant exclusivement à l'une ou à l'autre Communauté.

Les Communautés ne sont alors pas compétentes :

• pour prendre des mesures directement applicables aux personnes ;
• à l'égard des institutions publiques telles que les communes ou les CPAS ;
• à l'égard de toutes les institutions privées ne pouvant, en raison de leur organisation, être considérées comme appartenant exclusivement à l'une ou à l'autre Communauté. 

Dans ces cas, l"autorité fédérale restait compétente..

La Réforme de l'Etat de 1988

La Réforme de l'Etat de 1988 revoit la répartition des compétences communautaires au sein de la région bruxelloise.

En 1989, suite à la promulgation de la loi spéciale du 12 janvier 1989 relative aux Institutions bruxelloises et en particulier son Livre III, trois Commissions communautaires sont créées, afin de répondre à la spécificité bruxelloise et de garantir la diversité de la région :

• la Commission communautaire française (Cocof), dépendant de la Communauté française ;
• la Commission communautaire flamande (Vlaamse Gemeenschapscommissie, VGC), dépendant de la Communauté flamande ;
• la Commission communautaire commune (Cocom), travaillant indépendamment des deux Communautés et de la Région de Bruxelles-Capitale. Elle est ainsi considérée comme la "quatrième Communauté" en Belgique, aux côtés des Communautés française, flamande et germanophone.

En vertu de la Constitution, la Cocom devient alors compétente, dans le cadre des compétences communautaires de la santé et de l'aide aux personnes ::

• pour prendre des mesures directement applicables aux personnes ;
• à l'égard des institutions ne pouvant, en raison de leur organisation, être considérés comme appartenant exclusivement à l'une ou à l'autre Communauté.

L’élargissement des compétences de la Cocof en 1994

A l'origine, la Commission communautaire française (Cocof) et la Vlaamse Gemeenschapscommissie (VGC) agissaient en tant que pouvoirs décentralisés, respectivement des Communautés française et flamande, c'est-à-dire sous le contrôle (tutelle) de ces Communautés et dans un rôle supplétif. Le rôle et le mode de fonctionnement de la VGC et de la Cocof (à cette époque, du moins) sont assimilables à ceux d'une province.

En 1994, les compétences de la Cocof sont élargies. La Communauté française lui transfère l'exercice d'un certain nombre de ses compétences, essentiellement en matière de politique de santé curative et d'aide aux personnes. La Cocof peut donc agir de manière autonome dans ces domaines. Elle intervient en région bruxelloise "à la place" de la Communauté française et dispose donc d'une compétence normative (adoption de décrets). La Communauté française reste compétente pour un certain nombre de matières personnalisables, telles que :

• la prévention en santé ;
• l'éducation sanitaire ;
• l'Office de la Naissance et de l'Enfance (ONE) ;
• la protection de la jeunesse.

La Communauté flamande ne transfère l'exercice d'aucune compétence à la VGC, qui demeure un organe décentralisé de cette dernière.

L’élargissement des compétences de la Cocom

Le 1^er juillet 2014, la Cocom a reçu d'importantes compétences supplémentaires, en vertu de la loi spéciale du 6 janvier 2014 relative à la Sixième Réforme de l'Etat.

Depuis lors, son gouvernement, le Collège réuni, exerce progressivement ces compétences au travers de deux instances : son administration, Vivalis, et un organisme d’intérêt public (OIP), Iriscare, créé en 2017 (ordonnance du 23 mars 2017 portant création de l’office bicommunautaire de la santé, de l’aide aux personnes et des prestations familiales) et opérationnel depuis le 1^er janvier 2019.